C'est la famille Nau qui a donné son patronyme à la commune, Guillaume Nau y faisant édifier en 1505 la première chapelle, Saint Jean du Coste, dépendant de Saint Jean de Langeais. De nombreux lieux-dits des environs témoignent encore de cette époque (la Perrée aux Naux…).

Les troubles de la Révolution épargnèrent relativement la région, et en 1791 la paroisse devint commune en prenant le nom de La Chapelle aux Naux.

L'église actuelle date de 1855 et abrite une statuette en faïence de Nevers de Saint Clément, patron des mariniers, datant de 1713 et déjà présente dans l'ancienne église.

   
Bordée par un fleuve capricieux s'il en est, la commune a subi plusieurs fois des inondations importantes (1709, 1710, 1983), et les 3 dernières : 1846,1856, 1866. La Mairie et plusieurs maisons portent encore la marque du niveau de l'eau lors de ces dernières.
Aujourd'hui encore, la région est sous la menace d'une crue dite " centenale ", contre laquelle les levées actuelles, pourtant surélevées, renforcées et entretenues ne pourraient pas grand-chose .
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